舟氏のプライベートにおける歩みもまた、世間の大きな関心を集めてきました。紀子さまの実家といえば、父・川嶋辰彦氏（学習院大学名誉教授・2021年逝去）が暮らしていた学習院大学構内の教職員住宅「3LDK」が広く知られています。質素で実直、学問を何よりも尊ぶ家庭環境で育ったことが、舟氏の価値観の根底にあります。
私生活では2006年、福島県いわき市で大規模な医療法人を経営する理事長の娘と結婚。長女が誕生しましたが、東日本大震災の発生や生活拠点の相違、多忙な研究活動のすれ違いなどを経て、2012年に協議離婚に至りました。
その後、独身のまま研究と支援活動に没頭していましたが、2022年に転機を迎えます。川嶋舟の再婚相手として選んだのは、女性向けランジェリーブランドの経営者であり、一般社団法人の代表理事も務めていた起業家の女性でした。共通の知人を介して知り合い、地方創生や社会貢献への志を共有する中で距離を縮めたと報じられています。再婚から数年が経過した現在も、互いの専門分野を尊重し合う良好なパートナーシップを継続しています。
