服用後、数日から数週間が経過した段階で読者を最も激しい不安に突き落とすのが、「この出血は生理なのか、薬の副作用なのか、それとも妊娠してしまった着床出血なのか」という識別問題です。この出血の正体は、医学的には「消退出血」と呼ばれます。
アフターピルによって強制的に引き上げられた黄体ホルモン濃度が急低下すると、維持できなくなった子宮内膜が剥がれ落ちます。これがアフターピル消退出血であり、通常は服用後3日〜10日前後で発生します。出血量は通常の生理と同等か、あるいはやや少量の赤褐色〜茶色の出血が2〜4日程度続くのが典型的なパターンです。この消退出血がしっかり確認できれば、子宮内膜が一度リセットされたことを意味するため、最も信頼性の高いアフターピル避妊成功サインの一つとなります。
一方で、警戒すべき「着床出血」は、受精卵が子宮内膜に潜り込む際に生じるごく少量の出血で、おりものに血が混ざる程度の薄いピンク色や茶褐色であることが多く、1〜2日で終わる傾向があります。見た目だけで完全に区別することは医師でも困難なため、自己判断で安心・絶望するのは極めて危険です。最終的な決着をつけるためには、アフターピル妊娠検査薬いつから使えるのかという基準、すなわち「性交を行った日から3週間後（21日後）」または「生理予定日を1週間過ぎた時点」で市販の妊娠検査薬を使用し、陰性を確認することが絶対の医学的確定手順です。
