南京虫は夜行性で、人間が熟睡している時間帯（主に深夜から早朝）に這い出して露出し皮膚を吸血します。蚊に刺された場合と比べて症状が重く長期化しやすいのが特徴です。
初めて刺されたときはアレルギー反応が出ず、痒みを感じない場合もありますが、2回目以降の吸血では激しいアレルギー反応が生じます。刺された部位は赤く大きく腫れ上がり、掻きむしりたくなるほどの猛烈な痒みが1週間から2週間、場合によっては1カ月近く続きます。強い痒みによる睡眠障害や精神的なストレスを訴える被害者も少なくありません。
刺された跡の見分け方として、皮膚の1箇所だけでなく、血管を探しながら移動して刺す習性があるため、2〜3箇所が直線状または密集して刺されているケースが多く見られます。腕、首回り、足首、背中など、寝具から露出している部位に被害が集中します。
