同校の教育活動の根幹には、「考える子・思いやりのある子・たくましい子」を育成するバランス重視の北区立滝野川第三小学校の教育方針があります。北区の特色ある教育施策に連動し、一人1台配備されたタブレット端末を活用した探究型学習が日常化しています。
特筆すべき北区立滝野川第三小学校の特徴として、地域の伝統や歴史を学ぶ体験学習が挙げられます。かつてこの地で盛んに栽培された「滝野川ごぼう」をはじめとする伝統野菜の栽培体験や食農教育など、地域社会との接点を大切にした独自プログラムが展開されています。
さらに共働き世帯にとって不可欠なインフラとなっているのが、北区が全小学校で実施している北区立滝野川第三小学校の放課後子ども教室（わくわく☆ひろば）です。放課後の校庭や専用スペースを活用し、専任スタッフの管理下で安全に過ごせる環境が整備されており、学童クラブとの併用を含めて働く保護者のセーフティネットとして高い稼働率を誇っています。
