三井寺は、日本最古の巡礼路である西国三十三所観音霊場の第14番札所（観音堂）としても名高く、年間を通じて多くの巡礼者が訪れます。金堂エリアから石段を登った南の高台に位置する観音堂の舞台からは、大津の市街地と雄大な琵琶湖、そして遠く近江富士（三上山）を一望する絶景が広がります。
近年、SNSや参拝者の間で大きな注目を集めているのが、繊細な意匠が施された「限定切り絵御朱印」です。境内の国宝建築や四季折々の花（桜や紅葉）、弁慶の引き摺り鐘などを緻密にレーザーカットした芸術的な御朱印は、季節ごとにデザインが更新され、コレクターの間で高い評価を得ています。
現場の授与所では、通常の墨書き・朱印のほか、西国巡礼用の重ね印、切り絵御朱印（初穂料1,000円〜1,500円前後）が用意されています。現地を訪れた参拝者からは「高台の観音堂から琵琶湖を見下ろしながらいただく御朱印は格別の達成感がある」「切り絵の細工が美しく、専用の台紙に重ねると光の加減で表情が変わる」といった生の声が多く寄せられています。
