『ねらわれた学園』の原点は、1970年代に発表された眉村卓による少年少女向けSF小説です。原作は、生徒会を利用して学校を支配しようとする謎の転校生・京極少年と、超能力に目覚めた主人公・楠本和美（作品により三田村由加）たちの対決を描いた、極めてソリッドな学園SFサスペンスでした。
原作からの最大の変化は、映像化されるたびに時代の空気感を取り込んで大幅な脚色が施された点にあります。原作が「超能力と管理社会への警鐘」をストレートに描いたのに対し、後述する1981年の実写映画版では大林宣彦監督独自のオカルティズムと幻想的な映像美が前面に押し出されました。
さらに2012年の劇場アニメ版では、原作の設定を「過去の出来事」として継承しつつ、次世代の少年少女たちの心の揺らぎと近未来的なタイムトラベル要素を融合させた完全オリジナルストーリーへと進化を遂げています。
