フェニルケトン尿症（英名：Phenylketonuria、略称：PKU）は、国が指定する難病（指定難病240）の一つであり、生まれつきアミノ酸の代謝がうまくいかない先天性代謝異常症詳細まとめにおいて代表的な疾患に位置づけられています。日本国内における発症頻度は、およそ7万〜10万人に1人と報告されており、希少疾患の部類に入ります。
私たちが普段口にする肉、魚、卵、大豆製品などのタンパク質には、「フェニルアラニン」と呼ばれる必須アミノ酸が含まれています。通常、肝臓内でフェニルアラニン水酸化酵素欠損のない健康な状態であれば、フェニルアラニンは別の有益なアミノ酸である「チロシン」へと代謝され、脳内の神経伝達物質（ドーパミンやノルアドレナリン）や黒い色素であるメラニンの材料として利用されます。しかし、フェニルケトン尿症の患者は、この変換を担う酵素（またはその働きを助ける補酵素BH4）が先天的かつ遺伝的に不足しているため、代謝されなかったフェニルアラニンが血液や組織、脳内に過剰蓄積し、逆にチロシンが枯渇してしまいます。
遺伝形式は常染色体潜性遺伝（劣性遺伝）をとります。父親と母親の双方が保因者（病気の遺伝子を1つ持ち、自身は発症しない人）であった場合、4分の1の確率で子どもに遺伝します。決して誰かの過失や妊娠中の行動が原因で引き起こされるものではありません。
かつては知る術がなかったこの疾患を激変させた立役者が、生後4〜6日前後の新生児を対象に行われる新生児マススクリーニング検査です。赤ちゃんの足の裏（かかと）からごく微量の血液を採取して濾紙（ろし）にしみこませるこの公費検査によって、ほぼ100％に近いスクリーニング体制が確立されています。自覚症状が何一つ現れない新生児期に血中アミノ酸濃度を測定し、発症前に治療を開始できる仕組みが命と脳を守る最大の防壁となっています。
