自動車の初期品質や耐久品質を評価する米調査機関J.D.パワーの「米国自動車耐久品質調査（VDS）」や欧州各国の第三者機関レポートを参照すると、近年のMINIブランドの信頼性スコアは着実に上昇しており、業界平均を上回るポジションにつける年もあります。したがって、「ミニクーパーは息をするように壊れる」という昭和・平成初期の輸入車観は、現代のモデルには当てはまりません。
しかし、国産車（特にトヨタなど）の極めて高い故障フリー水準と比較した場合、依然としてミニクーパーの故障率やマイナートラブルの発生頻度が高いことは紛れもない事実です。輸入車専門の整備工場関係者によると、日本の高温多湿な気候、ストップ＆ゴーが連続する都市部の走行環境は、欧州の高速ツアラーとして設計されたゴム類・プラスチック部品の劣化を著しく早めると証言しています。
長期所有において避けて通れないBMWミニの定番トラブルとしては、以下の部位が挙げられます。
まずは、エンジン周辺のオイル下がり・オイル漏れです。シリンダーヘッドのタペットカバーパッキンやオイルフィルターハウジングのガスケットが熱と経年劣化で硬化し、走行距離5万キロ前後からオイルのにじみや漏れが発生しやすくなります。アンダーカバーにオイルが溜まり、駐車場の床に黒いシミができて初めて異変に気づくケースが散見されます。
次に、水回り（冷却系統）の脆弱性です。サーモスタットハウジングやウォーターポンプ、エキスパンションタンク（冷却水リザーバータンク）など、冷却ラインの多くに樹脂製パーツが採用されています。これらが経年劣化でクラック（ひび割れ）を起こし、クーラント漏れからオーバーヒートへ至るトラブルは、歴代モデル共通の弱点として知られています。
さらに、第3世代で成熟したとされるモデルでも、特有のミニクーパーF56の不具合として広く認知されているのが「シフトレバー警告」問題です。シフトメカニズム内部のスプリング破損やマイクロスイッチの接触不良により、Pレンジに入れているにもかかわらずメーターパネルに「車両動き出し注意」という警告メッセージが表示される現象です。走行自体に支障はないものの、車検に適合しなくなるため、シフトメカニズム一式の交換などで8万〜15万円前後の出費を迫られるケースが多発しました。
