阿笠博士への疑いが晴れた後、読者の関心は「では、真のボスは誰なのか」という一点に集中しました。そして原作第1008話（単行本第95巻）において、ファンを戦慄させる名探偵コナンの黒幕確定シーンが描かれます。
コナンと工藤優作・有希子夫妻、赤井秀一が集結し、組織のナンバー2である「ラム」が羽田浩司殺害事件の現場に残した暗号ダイイングメッセージを再解読。浮かび上がったアルファベットの文字列「CARASUMA」から、黒ずくめの組織のトップ「あのお方」の正体は烏丸蓮耶（からすまれんや）であると結論づけられました。
烏丸蓮耶とは、原作第30巻「集められた名探偵」で名前が登場した半世紀前に莫大な富を築いた大富豪であり、黄昏の館で惨劇を引き起こしたとされる歴史上の怪人物です。表向きは100歳を超えて他界したと語られていましたが、組織が開発を進めていた幼児化薬「APTX4869」や不老不死の研究と結びつき、現在も生存して影から世界を操っている可能性が浮上しました。阿笠博士という身近な存在ではなく、半世紀前の伝説の大富豪が黒幕であったという事実は、作品のスケールを一気に世界規模のサスペンスへと押し広げました。
