鹿肉を安全に美味しく楽しむための絶対条件は、芯までしっかり熱を通すことです。厚生労働省が策定した「野生鳥獣肉の衛生管理に関する指針」では、食肉の中心部まで以下の条件で加熱することが義務付けられています。
中心部の温度が75℃で1分間以上（またはこれと同等とされる63℃で30分間以上）。この温度条件を確実にクリアすることで、サルコシスティスや肺吸虫などの寄生虫はもちろん、熱に強いE型肝炎ウイルスや病原性大腸菌も完全に不活化されます。
近年流行している低温調理器を使用する場合は、肉の厚みや温度管理に細心の注意を払い、必ず芯温計を用いて中心温度と加熱時間を厳密に計測してください。中が鮮やかな赤色のまま残っている「レア」状態での提供や喫食は厳禁です。
また、調理時の二次汚染対策も欠かせません。生肉を扱った包丁、まな板、トング、箸は加熱後の肉に直接触れさせず、使用後は速やかに熱湯や塩素系漂白剤で消毒洗浄を行うことが安全な食べ方の鉄則です。
