最も議論の的となったのは、物語の結末だ。山田涼介演じる主人公・帯刀アラタが導き出した「あとしまつ」の結末は、あまりにも唐突であり、観客の予想を遥かに超える形で幕を閉じる。一部からは「これまで積み重ねてきた作戦や政治劇のドタバタは何だったのか」という批判が殺到した。
一方で、この結末には監督独自の皮肉と美学が込められている。未公開シーンや初期プロットの断片を紐解くと、怪獣の腐敗臭や政治家の無策ぶりを強調するコミカルな描写がより多くカットされていたことがわかる。映画本編では特撮アクションとコメディのバランスを模索した結果、ストーリー展開の唐突さだけが際立ってしまった側面は否定できない。
