『新・紋章の謎』がコアゲーマーから今なお絶賛される最大の根拠は、緻密に計算し尽くされた高難易度モード「ルナティック」のゲームデザインにあります。
一般的なRPGの高難易度が「敵のステータスを理不尽に引き上げただけ」の大味な調整に陥りがちなのに対し、本作のルナティック攻略は「詰将棋」に匹敵する極限のパズル精度を誇ります。敵の攻撃力、命中率、移動範囲、追撃発生条件が1マスの狂いもなく計算されており、1ターンの油断が即座に部隊の壊滅を招きます。さらにその上には、敵が常に先制攻撃を仕掛けてくる狂気の難度「ルナティックリバース」まで用意されていました。
この極限状態を生き残る鍵を握るのが、キャラクターの成長率一覧と兵種変更（兵種プルフ）の緻密な管理です。本作では、初期値と成長率のバランスが絶妙に設計されており、ただ強力なユニットを並べるだけではクリアできません。
最強キャラの育成において中核を担うのは、序盤から加入し飛行特効と高い初期値を持つパオラやカチュアの「ペガサス三姉妹」、高い機動力と安定した成長を見せるシリウスなどです。序盤の壁役として耐久力を底上げするドーピングアイテム「天使の衣」や「竜の盾」、さらには全能力を一時的に底上げする「星のオーブの欠片」を誰に投資するかが、戦局を左右します。徹底したリソース管理とプレイヤースキルが完璧に噛み合った瞬間、他作品では味わえない至高の達成感が生まれるのです。
