小学校卒業後の主要な進路となるのが羽後町立羽後中学校である。町内の各小学校から集まる生徒たちがスムーズに中学校生活へ移行できるよう、小中連携教育の強化が進められてきた。
羽後町教育委員会が描くグランドデザインでは、9年間の義務教育期間を見据えたカリキュラム編成や、教員間の合同研修・相互参観が積極的に取り入れられている。西馬音内小学校で培われた郷土愛と確かな学力は、中学校でのより高度な探究学習へとシームレスに繋がっていく。町全体が一つのキャンパスであるという発想のもと、保・小・中を一貫した教育ネットワークの構築が着々と形になりつつある。
