高額な商品と安価な商品の決定的な違いは、タンパク質の抽出方法と精製度合いにあります。牛乳を原料とするホエイプロテインには、大きく分けてWPC（濃縮乳清タンパク質）とWPI（分離乳清タンパク質）の2種類が存在します。
市場で圧倒的な安さを誇る製品のほぼすべてがWPCを採用しています。WPCは乳清をろ過して水分を抜く比較的シンプルな工程で製造されるため、製造原価を大幅に抑えられます。一方のWPIは、そこからさらに特殊な膜処理やイオン交換技術を用いて脂質や乳糖を限界まで除去するため、設備投資や製造コストが跳ね上がり、販売価格も1.5倍から2倍近くまで上昇します。これがプロテインが安い理由の最も根底にある物理的な要因です。
さらに、製品設計における「引き算の美学」も価格を左右します。安価な製品では、タンパク質以外の高価な添加物（各種ビタミン群、ミネラル、消化酵素、腸内環境を整えるプレバイオティクスなど）の配合をあえて省略しています。純粋にタンパク質補給だけに機能を絞り込むことで、原材料費を最小限に圧縮しているのです。
流通構造の変革も見逃せません。中間問屋を介さず、ECサイトを中心としたD2C（Direct to Consumer）で直接消費者に届けるビジネスモデルにより、小売マージンをカットしています。華美なアルミ蒸着パッケージをシンプルな単色印刷のアルミ袋に変更し、テレビCMなどのマス広告を打たずにSNSの口コミを活用することで、1食あたりの単価を限界まで引き下げています。
