京都店を語る上で絶対に外せない最大のアイデンティティ、それが有料トッピングの「九条ネギ」です。全国に40店舗以上存在する直系二郎の中でも、九条ネギを常設トッピングとして提供しているのは京都店だけです。
京都の伝統野菜である九条ネギは、一般的な白ネギに比べて青い部分が多く、特有の芳醇な香りと柔らかな食感、そして噛むほどに広がる自然な甘みが特徴です。京都店のスープは、豚の旨味が溶け出した微乳化〜非乳化寄りの醤油感がキリッと立ったカエシ強めの設計。ここに別皿または山盛りで供される九条ネギを投入すると、濃厚な豚骨脂（アブラ）の重厚感をネギの清涼感が見事に中和し、最後の一口まで箸が止まらなくなる奇跡的なマリアージュが完成します。
注文時に初心者が最も警戒すべき要素がラーメン二郎京都店の麺量です。一般的なラーメン店の麺量が茹で前130g〜150g程度であるのに対し、京都店の標準的な「小ラーメン」は茹で前で約300g前後あります。茹で上がり後には約500g近くに膨れ上がるため、大食いに自信がある方以外が初見で普通サイズを食べ切るのは容易ではありません。
麺量を調整したい場合は、列の先頭付近で店員から「食券を見せてください」と促されたタイミングで申告します。「麺少なめ（約200g〜240g）」や「半分（約150g）」、「1/3」といった要望に快く応じてくれます。二郎では食べ残しが最もタブーとされるため、少しでも不安がある場合は躊躇なく「麺半分」または「少なめ」を選択するのがスマートな立ち回りです。
そして着席後、丼が提供される直前に訪れるのが運命の「コール（無料トッピング確認）」です。店主または助手から「ニンニク入れますか？」と声をかけられたら、以下の4つの要素から好みを伝えます。
- ニンニク：標準では入らないため、入れたい場合は「ニンニク」または「ニンニクマシ」。
- ヤサイ：モヤシとキャベツの量を増やす場合は「ヤサイ」、減らす場合は「ヤサイ少なめ」。
- アブラ：味付けされた背脂を増量する場合は「アブラ」。
- カラメ：味を濃くしたい場合は「カラメ」（卓上にもカエシボトルが常備されています）。
何も追加しない標準状態で良ければ「そのままで」、ニンニクだけを入れたい場合はシンプルに「ニンニクで」と答えるだけで完璧に通じます。「全マシ」などの呪文を焦って叫ぶ必要はまったくありません。
