仕上がりのジューシーさと食感を決定づけるのが、素材となる鮭の品種選びです。スーパーの鮮魚コーナーには主に「生鮭（白鮭）」「銀鮭」「アトランティックサーモン」が並びますが、西京焼きにはどれが最適なのでしょうか。
結論として、ふっくらとした脂の甘みを楽しみたいならチリ産などの「銀鮭（養殖・生）」、味噌本来の上品な風味と魚の旨味を噛み締めたいなら国産の「生鮭（白鮭・秋鮭）」が推奨されます。銀鮭は脂質含有量が約12〜15%と高く、西京味噌の糖分と脂が溶け合ってとろけるような食感になります。一方、白鮭は脂質が3〜5%前後と淡白なため、味噌の風味がストレートに引き立ちます。なお、塩分調整が崩れる原因となるため、「塩銀鮭」などの塩蔵加工品ではなく、必ず「生」「未加熱」の切り身を選んでください。
また、鮭の西京漬けは作り置き冷凍保存と極めて相性が良い料理です。下処理をして味噌床を塗った切り身を、空気が入らないよう1切れずつラップで密着包装し、ジッパー付き保存袋に入れて冷凍庫へ入れます。冷凍環境下でもマイナス温度帯でゆっくりと味噌が浸透するため、冷凍庫で約3〜4週間保存可能です。調理する際は、前夜に冷蔵庫へ移して半日かけて低温解凍してから焼成すると、ドリップが出ず驚くほどふっくら焼き上がります。
