両社の違いを語る上で欠かせないのが、事業の成り立ちとビジネスモデルの根本的な差異です。多くの旅行者が「青函フェリーの安い理由」について疑問を抱きますが、その背景には歴史的な運航目的の特化があります。
もともと青函フェリー（共栄運輸と北日本海運の共同運航）は、トラックを中心とした貨物輸送専門の航路として長年運航されてきました。一般旅客の受け入れを開始した現在も、その設計思想は「合理的な輸送」に徹しています。豪華な吹き抜けロビーや大型売店、展望風呂といった観光船向けの余分な付加価値を削ぎ落とし、運航に関わる固定費や人件費を最小限に抑えることで、年間を通じて極めてリーズナブルな運賃を実現しています。
一方の津軽海峡フェリーは、かつての東日本フェリーの流れを汲む「カジュアルクルーズ」をコンセプトに掲げています。大型旅客船としての快適性を追求し、ホテルのようなスイートルームや愛犬と過ごせる専用個室、充実したレストラン施設（オートレストラン等）やショップを整備しています。その分、船体の建造コストや維持管理費、ターミナルのサービススタッフ配置にコストがかかっており、それが運賃設定の差として表れているのが構造的な真相です。
