しばき隊は厳密なピラミッド型の会員制組織ではなく、緩やかなネットワークとコアメンバーによって運営されていました。しかし活動が先鋭化するにつれ、役割分担や派生グループが形成されていきました。
運動の中心を担った主要人物および派生組織の実態は以下の通りです。
- 野間易通（のま やすみち）：しばき隊の発起人であり主宰者。編集・音楽ライター出身のバックグラウンドを活かし、広報戦略やメッセージ発信の中核を担いました。
- 高橋直輝（本名：添田充啓 / 2018年死去）：しばき隊の武闘派武力を象徴した分派組織「男組」の組長。元指定暴力団関係者という経歴を持ち、街頭での威圧的な直接対決で前面に立ちました（後に沖縄ヘリパッド移設反対運動等での傷害・公務執行妨害容疑などで逮捕・有罪判決を受け、2018年4月に急逝）。
- 神原元（かんばら はじめ）：弁護士として運動を法的な側面からバックアップし、ヘイトスピーチ規制の法制化やカウンター側の法廷闘争を支えました。
- 香山リカ（精神科医）：直接的な実行部隊ではないものの、シンパとしてカウンター運動への参加や言論面での擁護・後方支援を行いました。
2013年秋、過激な名称による社会的拒絶反応や活動範囲の拡大を受け、組織は「CRAC（Counter-Racist Action Collective）」へと改称・再編され、「しばき隊」という初期名称は公式には発展的解消の形を取りました。
