当路線を利用する上で避けて通れない最大のボトルネックが道路交通事情です。特に日曜日や大型連休の夕方から夜間にかけての上り線（神戸方面行）は、淡路島南端から垂水ジャンクション、そして阪神高速3号神戸線にかけて激しい自然渋滞が発生します。通常であれば1時間45分で到着するルートが、明石海峡大橋渋滞遅延情報で数キロの車列が報じられると、最大で40分〜1時間以上の到着遅延に直面することも珍しくありません。
この致命的なタイムロスをスマートに防ぐ裏技が、知る人ぞ知る高速舞子バス乗り換えテクニックです。明石海峡大橋を渡り終えた直後、本州側の最初の停車場となる「高速舞子」停留所は、直下にあるJR山陽本線（神戸線）舞子駅と連絡通路・エレベーターで直結しています。
週末夕方に神戸市内中心部へ急ぐ場合、あえてバス乗車券を「高速舞子まで」で購入（または舞子で途中下車）し、JR舞子駅から新快速・快速電車に乗り換えるのがプロの常套手段です。JR舞子駅からJR三ノ宮駅までは新快速で約19分、運賃はわずか320円。バスが阪神高速の合流地点でノロノロ運転を続けている間に、定時運行の鉄道で確実に三宮へ先回りできます。フライトや新幹線の乗り継ぎ時間を死守したいビジネスパーソンにとって、命綱とも言えるリカバリー手順です。
さらに、瀬戸内特有の気象リスクとして強風にも注意が欠かせません。明石海峡大橋周辺で風速が15m/sを超えると速度規制が敷かれ、25m/sに達すると通行止め措置が取られます。台風接近時や冬季の荒天時は、徳島バス神姫バス運行状況の公式WEBアラートや運行会社公式X（旧Twitter）を乗車直前までチェックする習慣が不可欠です。
