本作には現代のゲームでは考えられないほどシビアな「見落としたらリカバリー不可能な隠し要素」が散りばめられています。聖戦の系譜 取り返しのつかない要素の代表格が、特定のキャラクター同士による会話イベントや地形訪問です。
代表的なものが第1章における聖戦の系譜 隠しイベントの代名詞、「勇者の斧」です。レックスをマップ南東の岬の突端に単独で待機させることで、湖の女神から強力無比な勇者の斧を授かるイベントが発生します。これを逃すと斧ユニットの攻撃力は大きく減退し、親世代の難易度が一段階上がってしまいます。
さらに重要なのが聖戦の系譜 神器 入手条件と聖痕の管理です。聖戦の系譜を象徴する聖戦士の武器は、特定の血統を受け継ぐ者しか扱えません。特に第5章終盤、シグルドの父バイロンが瀕死の状態で届ける聖剣「ティルフィング」は、修理費に膨大なゴールド（最大50,000G）が必要となるため、あらかじめシグルドに資金を集約させておく事前の資金繰りが不可欠となります。
第4章でシレジアのトーヴェ城制圧後にシルヴィアを特定の村へ向かわせると手に入る「守りの剣」や、第3章でデューがブラギの塔を訪問することで手に入る「風の剣」など、特定のタイミングを逃せば二度と手に入らないアイテムが数多く存在します。攻略本や詳細なチャートなしでは見落としがちなこれらのフラグ管理こそ、本作を緻密なパズルたらしめている要因です。
