患者にとって最も切実な関心事の一つが、MRIとCTの費用の違いです。医療費は診療報酬点数によって全国一律で厳格に定められていますが、機器の性能（テスラ数やスライス数）、造影剤使用の有無、撮影部位の数によって最終的な窓口支払額は変動します。
2026年最新の検査費用詳細まとめとして、一般的な医療機関における保険診療（3割負担）の窓口負担額の目安を整理しました。なお、初診料・再診料や画像判断料、処置料などが加算されるため、実際の医療費の総額はおおむね以下の水準に収まります。
- 単純CT検査（造影剤なし・1部位）：約4,500円 〜 6,000円（3割負担）
※1割負担の場合は約1,500円〜2,000円 - 造影CT検査（造影剤使用・1部位）：約8,000円 〜 11,000円（3割負担）
※造影剤の薬剤費および点滴手技料が含まれる - 単純MRI検査（造影剤なし・1部位）：約7,500円 〜 9,500円（3割負担）
※1.5テスラまたは3.0テスラ機器による撮影 - 造影MRI検査（造影剤使用・1部位）：約12,000円 〜 15,000円（3割負担）
※ガドリニウム造影剤の薬剤費が高額であるため費用が跳ね上がる
自覚症状のない健康維持や予防を目的とした自由診療（人間ドック・脳ドックなど全額自己負担）の場合、施設の設定により価格差はさらに広がります。胸部低線量CTによる肺がんスクリーニングは約10,000円〜20,000円が相場です。一方、頭部MRA（脳血管撮影）を含めた脳ドックのMRI検査は約25,000円〜50,000円、全身の悪性腫瘍を探索するDWIBS（ドゥイブス：全身MRI検査）では約60,000円〜100,000円前後の自己負担が発生します。
MRIの方がCTに比べて3〜4割ほど高額になる背景には、超伝導状態を維持するための液体ヘリウムの管理コストや、導入・維持にかかる数億円単位の設備投資費が診療報酬点数に反映されているという医療経済的な側面が存在します。
