幸福の科学学園を語る上で欠かせないのが、原則全員入寮となる全寮制の生活スタイルです。大自然に囲まれた広大なキャンパスに位置する那須本校と、琵琶湖を望む関西校では、基本的な生活規律は共通しています。
学園の公式資料や生活規則によると、寮生活のタイムスケジュールは分刻みで厳格に管理されています。朝は決まった時間の起床と点呼に始まり、朝拝や瞑想、清掃を経て登校。放課後は部活動に汗を流し、入浴と夕食を済ませた後は、「聖黙（せいもく）の夜学習」と呼ばれる一切の私語を禁じた集中自習時間が2〜3時間にわたって設定されています。寮内では寮監長や宗教生活指導講師が常駐し、生徒から選ばれた寮長やファミリー長が下級生の面倒を見る自治組織が構築されています。
また、学園の知名度を一気に全国区へと押し上げたのが、那須本校のチアダンス部「Golden Griffins（ゴールデン・グリフィンズ）」の存在です。全国大会の常連であるばかりか、アメリカで開催される世界大会（USA Spirit Nationalsなど）で部門優勝や上位入賞を重ねるなど、目覚ましい成果を上げています。規律正しい全寮制生活で培われたチームワークと精神的結束が、競技力の源泉になっていると評されています。
一方、2013年に開校した関西校については、設立計画が持ち上がった当時、地元住民による激しい反対運動が巻き起こった歴史的経緯があります。滋賀県大津市議会には3万人を超える反対署名が提出され、景観破壊や教育環境の保全、新興宗教施設への警戒感から激しい議論が交わされました。現在は地域との摩擦は沈静化の傾向を見せているものの、学校建設時に起きた軋轢の記憶は今なお地元社会の記録に刻まれています。
