事件当時11歳という刑事責任年齢（14歳未満）に満たない触法少年であったため、刑事裁判ではなく長崎家庭裁判所での少年審判が行われました。2004年9月、家庭裁判所は通常の少年院送致ではなく、児童福祉法に基づく児童自立支援施設への送致決定を下します。極めて異例の判断として、強い指導と心理治療を目的とした事実上の女子少年院 処遇勧告に相当する措置が取られました。
送致先となったのは、栃木県さくら市にある国立の児童自立支援施設「国立きぬ川学院」でした。施設内では厳重な監視体制のもと、個別の心理カウンセリングや生活指導、学習支援が徹底して行われました。辻菜摘の自立支援施設での更生状況については、反省の深まりとともに情緒的な不安定さの解消、他者への共感性を育むプログラムが慎重に進められました。
その後、2008年からはより専門的な矯正教育を行うため、東京都昭島市にある女子少年院「愛光女子学園」へと移送。長きにわたる治療的教育を経て、2013年頃に仮退院および本退所の決定が下り、辻菜摘 出所後の社会復帰プログラムへと移行しました。足掛け約9年間に及ぶ矯正期間は、少年事件における処遇としては極めて長期にわたるものでした。
