静岡県内の私立高校偏差値ランキングにおいて、藤枝明誠高校は常に上位グループの一角を占めています。同校の最大の特徴は、設置されているコースによって明確に学力ターゲットが分かれている点です。
最難関とされる英数科は偏差値65〜67前後を推移しており、県立トップ校である藤枝東高校や静岡高校の併願先・併願戻り先としても確固たる地位を築いています。一方、部活動と学業の両立を主眼に置く普通科は偏差値50〜54程度となっており、スポーツ推薦枠で入学する実力派アスリートから基礎学力をじっくり固めたい生徒まで幅広い層が集まります。
中学入試における中高一貫コースの受験倍率は1.2〜1.5倍程度で安定しており、静岡県中部で質の高い6年一貫カリキュラムを求める家庭からの支持が年々厚くなっています。
