現在建つ礼拝堂は、1904年（明治37年）に建て替えられたもので、1998年には国登録有形文化財に指定されました。設計は大工棟梁の間木平吉が手掛け、北海道特有の建築資材である「札幌軟石（支笏溶脱凝灰岩）」がふんだんに使用されています。
建築様式としては、控え壁（バットレス）や半円アーチ窓を配した簡素なロマネスク様式を基調としています。外壁の凹凸ある石積みは「瘤出し（こぶだし）」と呼ばれる仕上げ技法が施され、太陽の角度によって豊かな陰影を生み出します。札幌軟石の持つ断熱性と耐火性は、厳冬期の厳しい寒冷地気候から会堂を守り続けてきました。
礼拝堂の内部に足を踏み入れると、木造のトラス構造が剥き出しになった高い天井と、温かみのある木製ベンチが迎えてくれます。正面に据えられたパイプオルガンと、アーチ窓から差し込む柔らかな自然光が織りなす静謐な空間は、訪れる者の心を自然と落ち着かせる力を持っています。
