ミヤBMの適応症は「腸内菌叢の異常による諸症状の改善」です。臨床現場では、慢性的な便秘と過敏性腸症候群（IBS）などに起因する水様便・下痢の双方に対して第一選択として処方されています。大腸の水分吸収機能を適切に調整する機能があるため、便秘患者に対しては便を柔らかくして排便を促し、下痢患者に対しては過剰な腸の痙攣を鎮めて便の性状を固形化させるという「整腸作用（二相性効果）」を発揮します。
医療現場において、ミヤBMが他の整腸剤（ビオフェルミンなど）と明確に一線を画す最大の理由は、「抗生物質（抗菌薬）との併用耐性」にあります。
風邪の二次感染や感染症治療でペニシリン系、セフェム系、ニューキノロン系などの広域抗生物質を服用すると、病原菌のみならず腸内の常在善玉菌まで広範囲に死滅し、副作用として激しい薬剤性下痢を引き起こします。通常のビオフェルミン（乳酸菌）は抗生物質によって死滅してしまうため、専用の耐性乳酸菌製剤（ビオフェルミンRなど）を用いなければ効果を発揮できません。しかし、ミヤBMの宮入菌は芽胞状態を保つことで、ほぼすべての一般的な抗生物質に対して極めて高い生残性を示します。そのため、感染症治療時のお腹のトラブル予防としても絶大な信頼を寄せられています。
