彼らが25年以上にわたり建設阻止を掲げ続ける理由には、単なる政治的イデオロギーにとどまらない、多面的な根拠が存在します。辺野古移設 反対理由を整理すると、大きく分けて「安全保障上の矛盾」「生物多様性の破壊」「地盤改良工事の破綻」という3つの柱に集約されます。
第1の理由は、沖縄への基地集中という構造的差別の固定化です。日本国土のわずか0.6％の面積しかない沖縄県に、在日米軍専用施設面積の約70％が集中しています。普天間基地の危険性を除去するためと称しながら、最新鋭の軍港機能や弾薬搭載エリアを備えたV字型滑走路を持つ強固な新基地を造ることは、基地負担の軽減ではなく恒久化に他ならないという主張です。
第2の理由は、奇跡の海と呼ばれる大浦湾の環境保全です。辺野古・大浦湾一帯には、絶滅危惧種のジュゴンが生息し、5,300種以上の海洋生物、260種以上の絶滅危惧種が確認されています。アオサンゴの大群落が広がる世界的にも稀有な海域に大量の土砂を投入することは、取り返しのつかない環境破壊であると国際自然保護連合（IUCN）からも度重なる勧告が出されてきました。
そして第3の決定的な要因が、近年クローズアップされている大浦湾 軟弱地盤 工事の現実です。埋め立て予定海域の北側（大浦湾側）には、「マヨネーズ並み」と形容される極めて軟弱な粘土層が海面下最大90メートル近くまで堆積していることが判明しました。海面下70メートル以深の地盤改良工事は国内でも施工実績がほとんどなく、専門の土木技術者からも耐震性や地盤沈下のリスクが厳しく指摘されています。
