市場食堂 城南店へ足を運ぶ際は、一般的な飲食店とは異なる営業時間帯に注意が必要です。市場の稼働リズムに合わせているため、朝早くからオープンし、昼過ぎには営業終了となるスタイルが基本となっています。
営業時間は概ね朝5時前後から14時頃まで（ネタがなくなり次第終了）。朝獲れの魚で豪華な朝ごはんを楽しむ「朝ラー」ならぬ「朝海鮮」を目当てに訪れるファンも少なくありません。定休日は市場の休業スケジュール（主に日曜日・祝日、および水曜日の市場休市日）に準連動しているため、訪問前のカレンダーチェックが必須です。
座席の事前予約については、大衆食堂の回転率を重視する営業形態のため原則不可（先着順での案内）となっています。大人数で訪れる場合は、ピークを避けて分散して来店するなどの工夫をおすすめします。
