キャラクターの潜在能力を解き放つクラスチェンジは、レベル18以上でクラス2、レベル38以上かつ「クラスの種」から得られる専用アイテムを用いてクラス3へと進みます。ここで重要となるのが「光」と「闇」の選択です。聖剣伝説3のクラスチェンジでおすすめの分岐は、各キャラクターがパーティ内で担う役割によって明確に分かれます。
例えばデュランの場合、光ルート(ロード)に進めば全体回復魔法を習得してサブヒーラーとしての安定性を得られます。逆に闇ルート(デュエリスト)を選択すれば、圧倒的な攻撃力と全体属性付与アイテム「セイバー」の恩恵を最大限に活用するメインアタッカーへと変貌します。パーティにシャルロットが不在なら光、回復役が確保できているなら闇を選ぶのが基本設計です。
さらにリメイク版独自の育成要素として、育成ポイントをステータスに割り振ることで獲得できる「アビリティ」が存在します。聖剣伝説3のアビリティ育成優先度においては、序盤から中盤にかけて「特技MPセーブ」や「クリティカルアップ」、さらには敵の詠唱を阻止する「アーマーブレイク」関連のパッシブスキルを最優先で確保することが、戦闘効率を劇的に改善する鍵となります。
終盤の大きな注目点となるのが、聖剣伝説3におけるリースのクラス4の性能です。光の「ミーティア」は全体バフの効果を極限まで高め、味方全体の攻防を異次元の水準へと引き上げます。対する闇の「フレースヴェルグ」は、敵全体に対する超強力なデバフ効果を永続付与し、高難易度ボスの行動を封殺する力を発揮します。どちらを選択してもパーティ全体の火力を底上げする中核として機能するため、自身のプレイスタイルに合わせて後悔なく選択できます。