東筑紫学園高等学校の最大の特徴は、学力層や将来の志望進路に応じた重層的なコース設計にあります。入学難易度を示す偏差値はコースによって大きく異なり、同一校内でありながら学習環境や進路目標が明確に区分されています。
最上位に位置する照曜館コースは、照曜館中学校からの内部進学組と高校からの外部進学組で構成され、偏差値65〜67の高水準を維持しています。これに続く「特別進学コース（特進）」が偏差値50台後半、「進学コース」が偏差値50前後、食物科などの専門学科が偏差値45前後となっており、幅広い学力層を受け入れる受け皿として機能しています。
近年の入試倍率および推薦入試の傾向について、進路指導関係者の分析によると「専願・推薦入試での早期囲い込みが定着しており、特に照曜館や特進の推薦枠は堅調な倍率で推移している」と指摘されています。一般入試においては福岡県立高校トップ校（小倉高校、東筑高校、八幡高校など）の併願先として選ばれるケースが多く、実質倍率以上に受験生のレベルが高いのが実情です。
