後夜祭の起源を遡ると、古代・中世の宗教的祭祀や収穫祭における「直会（なおらい）」や「送り火」の思想に行き着きます。神仏に捧げる本祭が終わった後、祭りの関係者が神饌（神に供えた飲食）を共に食し、非日常（ハレ）から日常（ケ）へと精神状態を戻す通過儀礼として行われていた儀式が原型です。
近代日本の教育機関において後夜祭が定着したのは、昭和20〜30年代の旧制高校や新制大学における自治活動の隆盛が契機とされています。過酷な準備作業を終えた学生たちが、外部の視線を遮断した構内で互いの健闘を称え合う場として独自に発展しました。その後、1970年代から1980年代にかけて全国の高校へ広がり、現在見られるようなエンターテインメント性の高いプログラムへと進化を遂げました。
