漫画家・桐山光侍氏の手による原作漫画と、阿部記之監督率いるスタジオぴえろが手がけたTVアニメ版（1995〜1996年放送）は、基本設定や終盤のストーリーラインにおいて劇的な違いが存在します。
原作漫画は、戦争の悲哀や元忍空組幹部たちのトラウマ、政治的な謀略が色濃く漂うハードボイルドな世界観で進行します。連載当時、作者の体調不良などもあり第一部はやや不完全燃焼な形で幕を閉じましたが、後に『ウルトラジャンプ』で連載された『NINKU -忍空- SECOND STAGE 干支忍編』によって過去の伏線が回収され、壮大な戦争叙事詩として完結を迎えました。
一方のアニメ版は、風助が生き別れの母を探す旅を軸に据え、オリジナル敵組織「夜叉連合」や帝国軍との戦いを描くロードムービー的な王道少年アクションとして構築されました。最終回では、母との切ない再会と別れを経て、仲間たちと共に新たな道を歩み出す風助の姿が美しい作画と哀愁漂う劇伴とともに描かれ、平成アニメ史に残る屈指の名ラストとして語り継がれています。
