F54には軽快な走りのガソリンターボ（ワン、クーパー、クーパーS）と、長距離ツアラーとして圧倒的な燃費とトルクを誇るクーパーD／クーパーSD（ディーゼル）が存在します。それぞれで故障傾向が大きく異なるため、自身の使用用途に見合った選択が不可欠です。
経済性の高さから中古車市場でも極めて人気の高いミニクラブマン ディーゼル 故障まとめとして押さえておくべきは、「煤（スス）の堆積」に起因する吸気・排気系の機能低下です。ディーゼルエンジンは低回転域で力強い反面、近所の買い物や短時間のチョイ乗りばかりを繰り返すと、排気温度が上がらずDPF（微粒子捕集フィルター）の自動再生が正常に行われません。結果としてEGRバルブやインテークマニホールド内部に黒いカーボンがスラッジ状に堆積し、加速不良やチェックランプ点灯を引き起こします。定期的に高速道路を巡航する環境であれば、ディーゼル本来の堅牢なシリンダーブロックのおかげでMINI クラブマン 耐久性と寿命は20万キロを超えても十分維持できるポテンシャルを持っています。
対してガソリンモデルはカーボン詰まりのリスクこそ低いものの、過給圧を高めたターボチャージャー周辺の配管劣化や、点火コイル・スパークプラグの劣化に伴う失火（ミスファイア）に注意が必要です。街乗りメインならガソリン、年間走行距離が1万キロ以上で高速道路を多用するならディーゼルという住み分けが、長期的なトラブル回避の基本セオリーとなります。
