「裁量労働制だから手当は一切出ない」と説明する企業が存在しますが、これは明確な労働基準法違反です。裁量労働制であっても免除されるのは通常の「時間外労働（残業）手当」のみであり、以下の手当は法律上、必ず支給されなければなりません。
具体的には、午後10時から翌日午前5時までの「深夜割増手当（25％以上）」および法定休日に勤務させた場合の「休日割増手当（35％以上）」の支払いは企業の法的義務です。これらを「裁量労働だから」という理由で一律カットしている企業は、明らかな違法状態にあります。
また、始業・終業時刻を会社が細かく指定して出退勤の自由を奪っていたり、到底時間内に終わらない業務量を一方的に命じたりしている場合、実質的に「裁量権がない」と判断され、裁判で制度の適用自体が無効化される判例も相次いでいます。
