法務省が示した運用指針では、公序良俗に反する読みや、漢字の持つ本来の意味とは正反対の読み（例えば「高」と書いて「ひくい」と読ませるなど）は認められない方針が明確にされた。一方で、長年親しまれてきた通称や一般的な当て字に関しては一定の柔軟性も残されている。
すでに登録された難読名によって日常生活や就職活動で著しい不便を被っている場合、家庭裁判所に申し立てを行うことで改名が認められるケースがある。戸籍法上の「やむを得ない事由」に該当するかどうかが判断基準となり、名前による精神的苦痛や社会生活上の障害が客観的に証明されれば、名前の変更や読み方の是正手続きが可能となっている。
