大人のしゃっくりは飲食のスピードやアルコール、ストレスなどが引き金となることが多いですが、新生児の場合は根本的な身体の構造上の特徴が関係しています。最も大きな要因は、胸部と腹部を隔てる筋肉である横隔膜の未発達と、それを取り巻く神経系の未成熟さにあります。
授乳を行うと、母乳やミルクとともに空気も一緒に胃の中へと流れ込みます。大人の胃に比べて新生児の胃は小さく垂直に近い形状（トックリ型）をしており、わずかな哺乳量でも胃が大きく膨らみます。この膨らんだ胃が直上にある未熟な横隔膜を直接圧迫し、刺激を受けた横隔膜が不随意にけいれんを起こすことで、声門が急激に閉じて特有の「ヒック」という音が生じます。
さらに近年の小児神経学および助産ケアの現場検証によると、成人の体内では神経伝達物質であるGABA（γ-アミノ酪酸）がしゃっくりの発生を自然に抑制するブレーキ役を果たしています。しかし新生児期はこの抑制メカニズムが十分に機能しておらず、わずかな刺激に対しても過敏に反射が起きてしまうのです。つまり、授乳後にしゃっくりが連続して起こる現象は、赤ちゃんの発達過程において極めて正常なステップといえます。
