結晶やゾナニウムが集まったとしても、適切な施設へ持ち込まなければバッテリーは1ミリも増えません。プレイヤーコミュニティで頻繁に交わされる「バッテリー製造機はどこにあるのか」「製錬ゴーレムの場所が分からない」という混乱は、この2つの施設の役割が明確に分かれていることに起因します。
まず、掘り出した鉱石を加工するのが「製錬ゴーレム」です。彼はゾナニウム3個を結晶1個に、あるいは大きなゾナニウム3個を大結晶（20個分）に変換してくれます。製錬ゴーレムは各地の廃鉱に鎮座していますが、アクセス性と在庫数の観点から以下の拠点をブックマークしておくのが鉄則です。
最も利用頻度が高いのは「中央大廃鉱」です。監視砦の地底直下に位置し、ワープポイントが至近にあるため移動の手間がありません。また、序盤に訪れる「始まりの空島」南部の採掘の洞窟内にも配置されています。製錬ゴーレムの結晶在庫には上限がありますが、焚き火で時間を進めて「赤い月」を跨ぐ、あるいは別のエリアで一定時間を過ごすことで在庫が全回復します。
一方、集まった結晶を物理的なエネルギーセルへと鍛え上げるのが「バッテリー製造機」です。ハイラル全土でアクセスが圧倒的に容易なのは以下の2箇所に絞られます。
1箇所目は、ハイラル探索の拠点となる「監視砦」のすぐ北側です。砦の北口を出てすぐ右手、崩れた巨大な瓦礫の上に執事ゴーレムと製造機が佇んでいます。鳥望台からパラセールで滑空すれば数秒で着地できるため、実質的にここ一箇所だけ覚えておけば冒険の最後まで困ることはありません。
2箇所目は「始まりの空島」の南西、ナチョヤハの祠を出てすぐの洞窟前です。序盤のチュートリアルで訪れる場所ですが、監視砦の製造機が解放された後は、あえてこちらに通う実利的な理由は薄いと言えます。
なお、副産物として集まるゾナニウムの効率的な集め方としては、地底の敵拠点（ボコブリンたちの採掘場）を襲撃するのが最良です。拠点の木箱や棚には精錬済みのゾナニウムが山積みされており、鉱石を背負った敵を倒すことでまとまった資材が一気に転がり込みます。
