イルカウォッチングに関して最も多い誤解が、「雨が降ったら中止になる」という思い込みです。結論から言えば、雨天でも波と風が基準値以内であれば通常通り運航されます。
イルカは肺呼吸を行う哺乳類であるため、雨が降っていても呼吸のために必ず水面に浮上します。雨粒によって水面が波立つと背びれが見つけにくくなる側面はあるものの、遭遇率そのものが激減することはありません。運航判断を左右する決定的な要素は「雨」ではなく「風速」と「有義波高」です。
早崎瀬戸は潮の流れが速いため、潮の流れと風向きが逆になると「三角波」と呼ばれる尖った白波が立ちやすくなります。風速が約8m/s以上、または波高が1.5mを超える予報が出た場合、乗客の安全確保のために欠航措置が取られます。当日が曇天や小雨であっても、風が穏やかであれば「凪（なぎ）」の状態で快適にウォッチングを楽しめるケースが多いのが実情です。
また、船酔いリスクについては、大型クルーズ船ではなく漁船タイプのクルーザー（定員30〜50名程度）が主流であるため、波の影響をダイレクトに受けます。「自分は乗り物酔いしにくい」と過信せず、出航の30分前までに市販のアネロン等の酔い止め薬を服用しておくことが、旅のクオリティを保つ最大の自衛策となります。
