園内の二大巨頭である「動物園エリア」と「ワンダーミュージアム」は、それぞれ異なるアプローチで来園者の探求心を刺激します。
まず動物園における決定的な見どころは、「琉球弧エリア」に集まる希少な在来生物たちです。天然記念物であるツシマヤマネコやヤンバルクイナをはじめ、沖縄の生活史を支えてきたヨナグニウマや琉球犬（りゅうきゅういぬ）など、この土地ならではの生態系を体系的に学べる構成は国内屈指の学術的価値を誇ります。巨大なアジアゾウやホワイトライオン、キリンを間近で観察できるサバンナエリアのダイナミズムも圧巻の迫力です。
一方、敷地内に併設された「ワンダーミュージアム」は、沖縄県内唯一の本格的なチルドレンズミュージアムとして絶大な人気を博しています。「理解する喜び」をテーマにした館内には、光・音・影・重力などを直感的に学べるハンズオン（体験型）展示がフロアいっぱいに広がります。ワークショップも連日開催されており、子どもたちが自らの手でモノづくりに没頭できる仕掛けが満載です。
完全空調完備の屋内施設であるため、沖縄特有のスコールや真夏の猛暑日における避難先としても極めて高い実用性を発揮します。天候に左右されずに旅程を維持できる点は、旅行者にとって最大のメリットといえます。
