サンライズ出雲の旅を語る上で避けて通れないのが、「自然災害や天候急変による遅延・運転打ち切りリスク」です。本列車は、日本屈指の急峻な山岳地帯を縫うように走る単線路線「伯備線（倉敷〜米子間）」を経由します。
サンライズ出雲遅延運行状況まとめとして過去の事例を精査すると、夏季の線状降水帯による豪雨、秋の台風、冬季の豪雪や倒木・落石による運行トラブルが全国のJR特急の中でも高頻度で発生しています。
関係者の証言や実際のトラブル体験談から、遅延時に発生するリアルな現場オペレーションは以下の3パターンに集約されます。
- パターンA：数十分〜1時間の軽微な遅延
伯備線内の単線行き違い待ち等で遅れるケース。出雲市駅への到着が遅れるものの、列車自体は終点まで走破します。 - パターンB：岡山駅での運転打ち切り（最も多いケース）
東海道線内での事故や伯備線の雨量規制等により、午前6時半の段階で大幅な遅れが生じている場合、列車は岡山駅で打ち切り（前途打ち切り）となります。乗客は岡山駅から後続の定期特急「やくも」への乗り換えを案内されます。 - パターンC：新幹線等への振替輸送
東海道・山陽エリアで深夜に抑止を食らった場合、朝の段階で最寄り新幹線停車駅（姫路や岡山など）から山陽新幹線・東海道新幹線へ振り替え乗車となり、目的地へ急ぎ誘導されます。
なお、JRの営業規則上、特急列車が2時間以上遅延して到着した場合、特急料金は全額払い戻しとなります。ただし、寝台を利用して朝を迎えていた場合、「寝台券の料金」自体は目的を果たしたとみなされ払い戻しの対象外となるのが通例です（運行が途中で打ち切られ、朝まで寝台が使えなかった場合などを除く）。旅程には必ず半日程度のゆとりを持たせることが、大人のサンライズ旅における鉄則です。
