現地を訪れると、板張りの外壁と格子窓が並ぶ外観が、相川の古い町並みに溶け込むように建っています。一歩内部へ足を踏み入れると、外光を遮る重厚な木製扉や、静まり返った廊下が広がり、訪れる者を当時の緊張感へと引き込みます。
内部の構造的特徴は、限られた人員で効率的に被収容者を監視できるよう設計された合理的なレイアウトです。監視所を中心に配置し、そこから直線状に伸びる単廊下の両脇に独房（単独室）や共同室が整然と並んでいます。独房の扉には食事を受け渡すための小窓（食器口）や視察孔が当時の金具のまま残されており、内部写真の撮影スポットとしても多くの歴史ファンを惹きつけています。
各房内には、畳敷きの居住スペースと簡易なトイレスペースが区切られており、冬の寒さが厳しい佐渡の気候に耐えながら過ごした人々の生活実態がリアルに伝わってきます。また、敷地内には取調室、面会室、炊事場、さらには高い板塀で囲まれた運動場など、拘置所運営に必要な機能が極めてコンパクトに凝縮されています。
