六本木ジャングル料金システムを理解する上で不可欠なのは、「席料（セット料金）＝総支払額ではない」という点です。同店の会計は、時間制のセット料金をベースに、各種チャージと割増率が掛け合わされる緻密な積算方式を採用しています。
標準的なメインフロアにおけるジャングル東京セット料金は、入店時間帯によって変動する2段階設定が一般的です。20時台などの早い時間帯（アーリータイム）は1セット（60分）あたり15,000円前後に設定されている一方、ピークタイム（21時以降）は18,000円〜20,000円へとシフトします。自動延長制が基本となっており、ジャングル東京延長料金は30分または60分単位で同水準の金額が加算されます。
ここで最も注意すべき要素が、ジャングル東京サービス料およびTAX（深夜料金・消費税）の存在です。六本木の高級店基準に違わず、サービス料（約25%〜30%）とTAX（約10%〜15%）を合算した掛け率は総額に対して約35%〜40%に達します。つまり、テーブル上の小計が50,000円だった場合、最終請求額は約67,500円〜70,000円となる計算です。この仕組みをあらかじめ把握しておくことが、会計時のギャップを防ぐ基本原則となります。
