埼京線は単独で完結する路線ではない。北は川越線、南は東京臨海高速鉄道りんかい線、さらには相鉄・JR直通線へと線路がつながっている。この広大なネットワークこそが利便性の源泉であると同時に、一度トラブルが起きると広範囲に狂いが波及する最大の要因だ。
たとえば相鉄線内での踏切安全確認や、りんかい線内でのドア挟まりといった小さな事象であっても、直通運転系統全体にブレーキがかかる。過密ダイヤで走る朝のピーク時には、先行列車との車間距離を保つための減速が後続列車へドミノ倒しのように伝播していく。
東日本旅客鉄道株式会社（JR東日本）も運行管理システムの高度化を進めているが、物理的な線路のキャパシティ限界と相互乗り入れの複雑さが、遅延回復を難しくしている現実がある。
