空港連絡バスを利用するにあたって、最も多くのユーザーが混乱するのが「上り便（羽田行き）」と「下り便（たまプラーザ行き）」で予約システムが根本的に異なるという点です。
たまプラーザ駅発の羽田空港行きは、乗車日の1ヶ月前から前日（または発車直前）まで、予約サイト「発車オーライネット」等を通じた事前予約とクレジット決済が可能です。座席定員制のため、事前予約を行っておけば当日の混雑に左右されず確実に着席できます。もちろん空席があれば当日乗車も可能ですが、出張が集中する平日午前6時〜7時台や連休初日は満席になるケースが多いため、たまプラーザ 羽田 バス 予約は事前確保が推奨されます。
一方で、羽田空港発たまプラーザ行きは事前予約を受け付けていません。空港到着ロビーに設置された自動券売機、またはバス乗車券カウンターにて、到着時間に応じた直近便の指定乗車券を購入する完全先着順（当日便指定制）となっています。
たまプラーザ 羽田 バス ICカード決済（Suica、PASMO等）を利用する場合も注意が必要です。たまプラーザ発で予約なしの当日乗車を行う際は車内のカードリーダーでタッチ精算が可能ですが、羽田空港発では、のりばへ直接向かうのではなく、事前に自動券売機やカウンターでICカード決済を行い、時刻が指定された乗車票を受け取る運用が基本となります。
また、万が一の乗り遅れや航空機遅延による羽田空港 たまプラーザ バス 乗り遅れ 払い戻しの手続きには厳格なルールがあります。Web予約便の場合、バスの出発時刻前にオンライン上でキャンセル手続きを行えば所定の手数料（110円程度）を差し引いて払い戻されますが、出発時刻を1分でも過ぎると権利放棄とみなされ、一切の払い戻しや便変更が不可能になります。飛行機の到着遅延で乗車予定便に間に合わない可能性がある場合は、預け手荷物を受け取る前に手元のスマートフォンから速やかに変更・キャンセル操作を行うのが鉄則です。
