フリマアプリや量販店で保護ケースやフィルムを購入する際、最も多い失敗が「世代間のアクセサリー適合性の誤解」です。結論から言うと、iPhone SE ケースの互換性において、第2世代と第3世代の間には100%の完全な互換性が存在します。
本体の寸法、側面の音量ボタンやサウンドオン/オフスイッチの位置、背面の単眼カメラレンズとLEDフラッシュの座標に至るまで、コンマ数ミリ単位で同一の設計が踏襲されています。そのため、「iPhone SE（第2世代）用」と明記されているケースであっても、第3世代にそのまま寸分の狂いもなく装着可能です。さらに、かつて販売されていた「iPhone 7」や「iPhone 8」専用の保護ケースも、外形寸法が共通しているため基本的には物理的な装着が可能です。
ただし、旧世代アクセサリーの流用には1点だけ「デザイン上の罠」が潜んでいます。iPhone 7およびiPhone 8は背面のAppleロゴマークが中央ではなく「やや上寄り」に配置されていました。そのため、背面のリンゴマークを見せるために丸い窓（くり抜き穴）が開けられているケースを第2世代や第3世代のSEに装着すると、リンゴマークが穴の下半分に激しく偏ってズレてしまい、著しく不格好な見た目になります。
また、前面のガラスフィルムに関しても留意すべき現場のリアルが存在します。第2世代と第3世代はディスプレイのガラス曲率（画面縁のカーブ）に製造ロットごとの微細な個体差があり、安価な全画面保護ガラスフィルムを貼った際に、画面の左右両端に白い浮き（気泡の帯）が発生するというトラブルが修理店の現場で度々報告されています。アクセサリー選定時は「SE2 / SE3 両対応」と明記された実績のある国内有名メーカーの製品を選択するのが安全です。
