大網駅を利用する上で初見の人が最も戸惑いやすいのが、その特殊な駅構造です。かつてスイッチバックを行っていた歴史的経緯から、外房線ホーム（3・4番線）と東金線ホーム（1・2番線）が改札口を挟んで約90度の角度で分かれる「V字型」の配置になっています。
駅の構内図を確認すると分かりますが、外房線と東金線のホームは同一フロアで隣り合っていません。東金線ホームは地平レベル、外房線ホームは高架レベルに位置しており、大網駅での乗り換えには連絡通路と階段・エスカレーターを経由して概ね2〜4分程度の徒歩移動が必要となります。
特に朝の通勤ラッシュ時や悪天候時は、外房線上りホームへ向かう乗客が通路に集中します。東金線（成東・東金方面）から外房線（千葉・東京方面）へ乗り継ぐ際は、乗り換え時間を最低でも3〜5分は見込んで行動するのが賢明です。
構内にはエレベーターや多機能トイレが整備されており、バリアフリー化が進んでいます。改札外にはコンビニや待合スペースも整っているため、少し早めに駅へ到着してもストレスなく時間を過ごせます。
