水戸商業高校を語る上で欠かせないのが、全国にその名を知らしめた名門部活動の存在です。特に硬式野球部は、過去に春夏の甲子園大会へ幾度となく出場し、1999年春の選抜高校野球大会では準優勝という輝かしい金字塔を打ち立てました。近年は私立強豪校の台頭により激戦が続いていますが、公立の雄として県内屈指の戦力を維持し続けています。
また、文化部において絶大な存在感を放つのが吹奏楽部、通称「Blue Beginners（ブルービギナーズ）」です。全日本マーチングコンテストなどで幾多の金賞を受賞し、全国各地からその演奏・演技を一目見ようとファンが集まります。部員の手記や保護者の証言からは、その華やかな舞台裏に潜む過酷な日常が浮き彫りになります。
「朝練習から放課後、土日も返上でミリ単位のフォーメーションを合わせ込む日々。疲労は限界に達しますが、全国の舞台を踏んだ瞬間の達成感と、ここで培った時間管理能力は一生の財産です」（吹奏楽部OGの回顧手記より）
部活動に本気で打ち込める環境が整っている一方、平日の練習時間は長く、商業科目の資格取得勉強との両立は生半可な覚悟ではこなせません。「部活動を言い訳に学問を疎かにしない」という校風が徹底されているため、タイムマネジメントが苦手な生徒は早期に息切れしてしまうリスクを抱えています。
