味の笛 本店を語る上で欠かせないのが、フロアごとに明確に分化された利用システムです。知らずに入店すると戸惑いやすいポイントを整理しました。
まず1階フロアは、熱気あふれる御徒町 立ち飲みのフロアです。ここでは完全な味の笛 キャッシュオン方式が採用されています。カウンターやテーブルの上に置かれた小皿（コイントレイ）にあらかじめ千円札や小銭を出しておき、注文した品物が届くたびに店員がそこから代金を回収していくスタイルです。
一方の味の笛 2階席 システムは、座ってゆっくり飲めるテーブル席主体の構成となっています。ただし、1階とは注文・会計の手順や雰囲気が異なります。2階では着席後に注文を取り、会計もまとめて行う一般的な居酒屋に近い運用が基本です。また、混雑状況に応じて席料（お通し代等）や利用時間制限が設けられる場合があり、「サクッと15分で立ち飲みしたい」人は1階、「2〜3名で腰を据えて語り合いたい」人は2階という明確な使い分けが推奨されます。
食器類の返却やカウンターでのスペースの譲り合いなど、大衆立ち飲み特有の「スマートな振る舞い」が求められる点も心得ておく必要があります。
