ドン・キホーテ佐賀店の大きな強みは、朝9:00から翌午前3:00までというロングラン営業にあります。佐賀市周辺では深夜24時を過ぎると営業している大型スーパーやディスカウントストアが限られるため、深夜帯のインフラとしても重宝されています。
夜遅い時間帯であっても、生鮮食品の一部や冷凍食品、お酒、日用消耗品、文房具、スマホ関連グッズなどが豊富に並んでおり、夜勤明けの買い物や急な翌日の準備にも余裕で対応可能です。ただし、医薬品コーナー（第1類医薬品など）に関しては薬剤師や登録販売者の勤務シフトによって販売時間が限られる場合があるため、深夜に特定の薬を求めて来店する際は事前に電話等で確認しておくと安心です。
