もとぶ元気村の看板プログラムといえば、施設内の専用ラグーンで暮らすイルカたちとのふれあい体験です。目的や参加者の年齢、泳力に応じて複数のコースが設計されています。
代表的なプログラムの概要と料金の目安は以下の通りです。
1. ドルフィンエンカウンター（ふれあい体験）
水深の浅いデッキから水に入り、膝下程度の水位でイルカの体に触れたりサインを出してジャンプさせたりするプログラム。0歳の乳幼児から参加可能（未就学児は保護者同伴）なため、海に入って泳ぐのが難しい小さな子ども連れに絶大な人気を誇ります。料金は1名あたりおよそ5,500円〜7,000円前後です。
2. ドルフィンスイム（一緒に泳ぐ体験）
ライフジャケットを着用し、足の届かない深水エリアでイルカの背びれにつかまって泳いだり、水中での動きを間近で観察したりする本格派コース。小学生以上かつ規定の泳力（顔をつけてバタ足ができる程度）が目安となります。料金は1名あたり14,000円〜18,000円前後です。
【予約のコツと争奪戦対策】
イルカ体験は安全管理と動物の健康維持のため、1回あたりの定員が厳格に定められています。GWや夏休み、年末年始などの繁忙期は予約受付開始直後（利用日の1〜2ヶ月前）に枠が埋まるケースが日常茶飯事です。旅程が決まった段階で公式サイトからWEB予約を即座に完了させるのが鉄則となります。
